2006年夏天，5年級的尾崎龍平發現父親而時遺留下的《大東京地下探險記》的筆記本。于是龍平與他的好朋友俊和義雄結成了新的探險隊，帶上暑假不請自來的表弟一行4人按照地圖的表器開始了探詢秘寶的旅程。而神秘的地下世界有著讓人意想不到的奇異景象，舊日本陸軍的伍長山下草次郎、和藹地下居民又吉，日本之寶……對于性格開朗卻很怕麻煩的龍平這一切似乎來得太快。